Cuộc chiến tranh hai đô thời Nguyên được xem là một trong những cuộc chiến tranh giành ngai vàng tàn khốc nhất trong lịch sử Trung Quốc. Không giống như những cuộc binh biến giành ngôi vua bình thường khác, đây là một cuộc nội chiến với quy mô lớn giữa hai phe đối lập và vẫn tiếp tục diễn ra ở nhiều khu vực trên toàn quốc ngay cả khi Nguyên Văn Tông đã tuyên bố chiến thắng và chính thức đăng cơ. Cuộc nội loạn này trên thực tế đã kéo dài ròng rã suốt 4 năm dù các thế lực phản triều đình chỉ còn xuất hiện phân tán trong 3 năm cuối cùng và hoàn toàn chấm dứt vào năm 1332, năm cuối của triều đại Văn Tông. Tuy các cuộc nổi loạn đã bị dập tắt nhưng những chi phí gia tăng từ những cuộc chiến chống lại những người trung thành của Thái Định đế và đàn áp các cuộc nổi dậy của các dân tộc thiểu số đã hao hụt rất nhiều quốc khố của triều đình. Cuộc nội chiến hai đô cũng đã đánh dấu sự suy tàn của đế quốc Đại Nguyên, dẫn đến sự chống đối của người Trung Quốc với ách thống trị của đế quốc Mông Cổ tăng lên. Các cuộc nổi dậy của người Hán diễn ra nhiều hơn sau đó, đặc biệt trở nên mạnh mẽ dưới thời Nguyên Huệ Tông với tiêu biểu là cuộc khởi nghĩa Khăn Đỏ, cho đến khi nhà Nguyên mất quyền cai trị Trung Quốc đại lục khoảng 40 năm sau (1368).